西曆2095年，魔法不再是虛無的幻想，而是已經應用了近一個世紀的科學技術。專為培育魔法技能師養成學校之一：國立魔法大學附設第一高中，通稱「魔法科高中」的這所學校迎來了一對兄妹的入學。哥哥是後備遞補「二科生」，而妹妹則是對兄長有著超乎血親感情的優秀「一科生」。兩人的入學，將掀起波瀾萬丈的生活…